武汉大学联合团队开发纳米孔靶向测序大幅提高新冠病毒阳性检出率

自新式冠状病毒性肺炎COVID-19疫情迸发以来，到3月1日，全球累计确诊超8万人，逝世近三千例，但仍存在许多临床疑似病例无法确诊。武汉大学联合团队立异性开发了纳米孔靶向测序检测的新办法，能大幅进步病毒阳性检出率，并能完结当天一起检测新冠和其他10大类、40种常见呼吸道病毒并监测病毒骤变。

据了解，既往新冠病毒确诊依赖于qPCR核酸检测，可是该办法显现出较高的假阴性率和低敏感性，阳性检出率仅为30％至50％，然后导致临床高度疑似新冠感染患者或低病毒埋伏的“假康复患者”检测“假阴性”现象频发。此外，qPCR核酸检测无法一起检测其他秋冬季高发、症状与新冠类似的其他呼吸道病毒，给疫情防控和患者分流办理带来极大应战。

身处疫区一线的专家学者看在眼里，急在心里。武汉大学药学院刘天罡教授，武汉大学人民医院李艳教授、余锂镭教授，武汉臻熙医学查验实验室有限公司总负责人付爱思博士等敏捷组成联合团队，立异性开发了纳米孔靶向测序（Nanopore Targeted Sequencing， NTS）检测的新办法。NTS结合了病毒靶向扩增和纳米孔测序长读长、实时数据输出的优势，初次完结测序后4小时内高敏感性、高准确性一起检测SARS-CoV-2和其他10大类、40种呼吸道病毒，其最低检测限高于现在广泛运用的qPCR的100倍。一起，该办法还可完结对新式冠状病毒基因组变异状况做检测，监控病毒变异引起的毒性与传达才能改动的状况。

3月3日，团队将在预印版渠道medRxiv宣布题为Nanopore target sequencing for accurate and comprehensive detection of SARS-CoV-2 and other respiratory viruses（《纳米孔靶向测序精准全面检测新冠病毒以及其他呼吸道病毒》）的研讨论文。

研讨团队在武汉新式冠状病毒定点医院运用NTS进行细心的检测

团队研制的NTS技能的特色在于：它不局限于我国或美国疾病控制中心（CDC）现在在qPCR办法中引荐的位点，而是将检测规模扩大到9个基因、12个位点，近10kb区域，全面掩盖病毒基因组上首要基因区域，100%掩盖病毒基因组上毒力相关的重要基因，检测病毒基因组规模进步100倍，然后明显进步检测敏感性和准确性。而qPCR办法仅针对病毒基因组上2-3个位点进行细心的检测剖析，掩盖

NTS与qPCR办法比照

刘天罡介绍，qPCR办法好比是用一把狙击枪去击打样本中的病毒核酸，有必定概率击不中，而NTS技能不是用狙击枪，而是撒网，一起撒十几张网，这样能捕获病毒核酸的概率大幅度进步，不仅如此，还能在捕获的一起读出序列。这样，一次检测不光能够确诊是否新冠，并且其他常见的呼吸道病毒，包含博卡病毒、鼻病毒、人间质肺病毒、呼吸道合胞病毒、冠状病毒、腺病毒、副流感病毒、甲型流感病毒、乙型流感病毒和丙型流感病毒等，也能一起检测出来，能为医生分诊供给切当根据。更重要的是，还能检测在病毒传达期间与毒力相关的基因是否发生了骤变，然后敏捷为后续的流行病学剖析供给信息。

在研讨中，团队平行测验了NTS和qPCR两种办法。成果表明：45个临床高度疑似新冠感染患者的样品，NTS共判定出34个阳性样品，比qPCR多出15个；16个临床已确诊新冠感染患者中，NTS悉数检测阳性，qPCR仅9个阳性。临床确诊样本显现，NTS比qPCR的阳性检出率进步43.8%。此外，关于高浓度病毒样本，NTS仅需测序10分钟即可检测阳性，即便极低浓度病毒样本，也仅需测序4小时完结检测，从收到样本到出具成果，全程控制在6-10小时并且该技能所需的纳米孔测序渠道对实验室要求不高，其间最小测序仪MinION是便携式的，因而NTS也合适不同等级的医院运用。

16个确诊新冠病毒感染样本的平行测验

现在，NTS的高敏感性、高准确性、高速度性和操作快捷性，对赶快确诊疑似病例、助力疫情防控具有重大意义！

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